Caracterização fenotípica e genotípica de animais da raça Hereford criados na região sul do estado do Rio Grande do Sul durante surtos de Ceratoconjuntivite Infecciosa Bovina
Resumo
Esta dissertação foi dividida em quatro capítulos, tendo como principais objetivos: i)
realizar a identificação bacteriológica dos agentes envolvidos na Ceratoconjuntivite
Infecciosa Bovina (CIB), por meio de diferentes técnicas: análise morfo-tintorial e
bioquímica, Espectrometria de massas com fonte de ionização e dessorção a laser
assistida por matriz e analisador de massas do tipo tempo-de-voo (MALDI-TOF),
Reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento. ii) avaliar a diversidade
genética de bactérias das espécies Moraxella bovis e Moraxella bovoculi isoladas de
surtos de CIB entre 2015 e 2017, utilizando as técnicas de ERIC-PCR
(enterobacterial repetitive intergenic consensus), RAPD-PCR (random amplification
of polymorphic DNA) e uma variação do RAPD-PCR com os primers JWP1 e
JWOPA07. iii) estimar os parâmetros e valores genéticos por meio da avaliação
tradicional pelo modelo animal para a incidência de CIB. iv) realizar estudo de
associação ampla do genoma (GWAS) para identificação de regiões genômicas e
SNPs mais representativos para susceptibilidade à CIB. Logo no início do surto de
CIB amostras de secreções oculares e nasais foram coletadas de bovinos da raça
Hereford para possibilitar a identificação do agente bacteriológico causador da
enfermidade, com isso confirmar o surto de CIB. Os animais eram provenientes de
cinco fazendas, criados no sul do estado do Rio Grande do Sul. Foram realizadas
quatro avaliações, com intervalo médio de 30 dias. O monitoramento teve como
finalidade a realização da fenotipagem com relação à susceptibilidade à doença, por
meio do acompanhamento da evolução dos surtos de CIB nas propriedades, a partir
da atribuição de escores de lesão ocular. Foram atribuídos escores para as lesões
de CIB, para cada um dos olhos, em uma escala de zero a quatro, na qual zero
indicava o olho normal e quatro o estágio mais avançado da doença, implicando em
perda ocular. As melhores concordâncias obtidas entre os métodos de identificação
bacteriológica estudada foram à identificação por MALDI-TOF e a identificação
molecular (PCR), confirmadas por sequenciamento, a partir do DNA extraído das
colônias de Moraxella spp. Ademais, foi confirmada a existência de variabilidade
genética entre as cepas de Moraxella bovis e Moraxella bovoculi isoladas de bovinos
da raça Hereford, acometidos por CIB, pertencentes a cinco diferentes municípios
situados no estado do Rio Grande do Sul. Os coeficientes de herdabilidade preditos
foram de 0,14, 0,096 e 0,099 para as categorias (c_2, c_3 e c_9) para incidência a
CIB. Os estudos de GWAS apontaram janelas genômicas significativas nos
cromossomos 3, 11, 14, 18, 26 e 27 associados à CIB. As análises de
enriquecimento funcional revelaram oito termos significativos (p<0,05) associados
com a susceptibilidade a CIB: Babesia, Plasmodium vivax, Babesiosis, Bood
bactericidal activity, Retinal cone photorecptor cells, Animal nutritional physiological
phenomena, COS cells e 5 Flanking region. Os termos MeSH, apontam para
importantes processos biológicos que estão relacionados com a expressão
fenotípica das lesões ocorridas pela CIB. Concluindo, as análises fenotípicas e
genômicas realizada ao longo deste estudo podem auxiliar na concepção de
estratégias de prevenção e tratamento contra o CIB, podendo colaborar com
estratégias de seleção por animais resistentes a CIB.