Mabel: uma ferramenta de extração de informação da literatura científica e seus avanços

Abstract

Mapping of Biological Entities from Literature (MaBEL), idealizado para auxiliar no desenvolvimento de revisões sistemáticas, é uma plataforma inovadora para automatizar o processo de triagem de artigos científicos, incluindo a identificação de genes, com um design simples e intuitivo em interface web. A aplicação faz uso do framework Flask e diversas bibliotecas capazes de se conectar, através de Interfaces de programação de aplicações (APIs), aos principais bancos de dados de literatura científica. Dentre as bases estão: Pubmed, Scopus, Science Direct, Scielo e repositórios de preprints. Com as informações extraídas através do MaBEL conseguimos obter e processar grandes quantidades de artigos (até 5000 por repositório), estruturando em um objeto Dataframe da biblioteca Pandas. A plataforma oferece visualização organizada dos dados em uma interface moderna, atraente e responsiva. Além disso, conta com pós-processamento por reconhecimento de entidades nomeadas (NER), uma técnica essencial do campo da bioinformática, que permite identificar automaticamente genes e termos biológicos relevantes, e gera gráficos automáticos da ocorrência desses termos, facilitando a interpretação dos resultados (LEE; OH; JUNG, 2023). A integração com o Gemini permite que os dados dos artigos sejam utilizados por um modelo de linguagem, permitindo ao usuário fazer perguntas e obter respostas baseadas nas informações extraídas (TEAM, G. et al., 2023). Essas funcionalidades posicionam a plataforma com uma solução inovadora, destacando-se no mercado pela sua eficiência e avançados recursos de análise.