Abordagens bioinformáticas no estudo pangenômico de Xanthomonas campestris
Resumo
Xanthomonas campestris é uma espécie de bactéria fitopatogênica gram-negativa que possui diferentes patovares, os quais apresentam especificidade ao hospedeiro, doença e modo de infecção . Os hospedeiros dessa espécie são de importância econômica, como a uva, couve, pimentão e outras plantas do gênero Brassica . Na presente dissertação, são apresentadas diferentes estratégias de bioinformática na análise genômica dos patovares de X. campestris. Os genomas foram obtidos no
banco de dados NCBI, e reanotados estruturalmente utilizando a ferramenta GENIX. A análise de pangenoma foi realizada através do GET_HOMOLOGUES, a qual possibilitou identificar grupos ortólogos, além de estabelecer o core , soft , shell e cloud genoma. A anotação metabólica dos patovares foi realizada utilizando as ferramentas antiSMASH e BlastKoala, bem como os genes diferencialmente distribuídos relacionados a processos de patogenia e fatores de virulência, como
efetores TAL, goma xantana e fator DSF foram analisados através do alinhamento de sequências. Sendo assim, através das abordagens bioinformáticas utilizadas neste trabalho, foi possível identificar características genômicas, as quais são relevantes para o entendimento da patogenia de cada patovar, bem como identificar genes com potencial biotecnológico.
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